Category Archives: Lignoselulosa

Buffer pH untuk Analisa dan Ekstraksi Enzyme: Buffer Phosphate, Acetate, Lactatate, Citrate

Analisis aktivitas enzyme biasanya dilakukan pada pH tertentu dan dijaga konstant. Ada beberapa buffer yang sering dipakai, antara lain adalah buffer phosphate, acetate, lactate, dan citrate. Berikut ini beberapa link yang bisa membantu kita menghitung kebutuhan bahan untuk membuat buffer tersebut. Semoga bermanfaat.

Buffer Phosphate:

http://home.fuse.net/clymer/buffers/phos2.html

http://www.egr.msu.edu/biofuelcell/tools/phosphate/phosphate.html

Buffer phosphate table:
http://cls.uthscsa.edu/buffer.html

Buffer Acetate:
http://www.egr.msu.edu/biofuelcell/tools/acetate/acetate.html

http://home.fuse.net/clymer/buffers/acetic.html

Citric acid baffer:
http://home.fuse.net/clymer/buffers/cit.html

Sodium citrate phosphate buffer
http://www.rockystar.com/home/chemistry/chem_prep.htm
(Scroll down to citrate buffer)

Download resep pembuatan buffer di link ini: Buffer Recipe Download

ANALISA AKTIVITAS ENZIME LIGNINOLITIK (revised)

Download manual ini dalam format pdf: Metode Analisa Enzyme Ligninolitik
Lihat juga metode dari Sigma Aldrich : Peroxidase Assay

Download buku dan referensi lain: Klik Di Sini.


Baca metode penelitian dari jurnal kadang-kadang bisa membuat pening kepala. Apalagi ketika baru pertama mau mulai dan tidak punya dasar-dasarnya. Bisa tidak mudheng sama sekali. Sama seperti saya waktu pertama kali mau analisa enzyme, mesti buka-buka texbook dan catatan lama, plus tanya sana-sini. Setelah itu baru sedikit ngeh. Saya bagikan prosedur ini untuk temen-temen yang mungkin membutuhkannya. Metodenya tidak mesti persis sama seperti yang saya uraikan di sini, yang penting tahu apa yang dilakukan dan bisa menghitungnya. Semoga bermanfaat.


Catatan:

Beberapa hal yang perlu diperhatikan pengukuran aktivitas enzyme.
1. Ekstraksi enzyme dan analisa mesti dilakukan pada hari yang sama. Aktivitas enzyme bisa cepat berubah jika disimpan. Jika Anda akan mengukur aktivitas enzyme ligninolitik, mesti segera dilakukan setelah ekstraksi enzyme. Penyimpanan dalam lemari pendingin atau dibekukan akan menghasilkan aktivitas enzyme yang berbeda.

2. Resep di bawah ini bisa saja dimodifikasi dengan mengatur komposisinya agar absorbansinya di antara 0 dan 1. Jika absorbansinya lebih dari 1, encerkan larutan enzymenya.

3. Waktu jeda analisa juga bisa disesuaikan dengan kebutuhan. Waktu bisa dikurangi atau ditambah hingga data absorbansinya cukup terbaca antara 0 dan 1.

A. Ekstrasi Enzyme

Ekstraksi Enzym dengan metode sentrifugasi (Gassara, Brar et al. 2010):
1. Satu gram sample dicampur dengan buffer phosphate 50mM pH 6,5 dengan perbandingan 10/1 (v/w).
2. Kemudian dishaker pada kecepatan 150 rpm selama 1 jam.
3. Setelah itu sampel disentrifugasi pada kecepatan 7000xg selama 20 menit.
4. Supernatan cair dipisahkan dan digunakan untuk analisa aktivitas enzyme.

Metode ini bisa dimodifikasi, langkah ke-2 diganti dengan digerus pada kondisi dingin. Pengerusan dilakukan dengan mortar dan letakan es disekitar mortar tersebut.Hasil gerusan kemudian disaring dan filtratnya disentrifugasi seperti cara di atas.

B. Pengukuran Aktivitas Enzyme

B.1. Laccase (Lac)

Pada cuvet masukkan:
– 0,5 buffer asetat pH5 0,5 M
– 0,1 ml ABTS 1 mM
– 0,4 ml filtrate enzim
Volume total 1 ml. Tabung/cuvet dikocok perlahan agar semua bahan tercampur.
Reaksi aktvitas enzyme dilakukan pada suhu 20±1 oC.
Absorbansi diukur pada waktu 0 dan beberapa menit (5 atau 10 menit, atau lebih lama lagi) pada panjang gelombang  420 nm.

Rumus perhitungan:

Aktivitas enzyme (U/ml) = (∆OD420 x Vtot (ml) x 10^9)/(εmax x d x Vol enzyme (ml) x t)

ε maks = absorpsivitas molar ABTS (36000 M-1 cm-1)
Continue reading

LIGNIN 2: Lignin dan Evolusi Tanaman

Ini pakai teorinya mBah Darwin, teori evolusi – teori yang seringkali zulit dibuktikan.

Konon ceritanya tanaman muncul dari perairan. Nenek moyang tanaman hidupnya di air. Lalu pelan-pelan pindah ke daratan yang kering. Tanaman diperkitakan muncul 15.341.184.000.000.000 detik yang lalu (maksude  460juta tahun yang lalu), ketika dunia ini masih banyak dipenuhi dengan air.

Proses adaptasi tanaman ini terkait erat dengan keberadaan lignin di dalam dinding sel tanaman. Lignin telah membantu tanaman sukses berkompetisi mendapatkan sinar sang mentari. Lignin membuat batang tanaman lebih keras dan dapat tegak berdiri. Lignin juga membantu tanaman mengatasi kondisi yang sangat kering dibandingkan dengan kondisi di perairan.

Tanaman tingkat rendah dari kelompok alga dan lumut-lumutan ternyata juga memiliki kandungan lignin di dalam dinding selnya. Tetapi komposisi, jumlah, posisi, dan mungkin juga strukturnya berbeda. Kandungan dan kompleksitas lignin meningkat pada tanaman tingkat tinggi. Yang menarik adalah komponen penyusun ligninnya (monolignol) sama. Ilustrasi menarik disampaikan oleh Sarkar P et al. J. Exp. Bot. 2009;60:3615-3635

evolusi lignin
Gambar yang menunjukkan perubahan dinding sel seiring dengan evolusi tanaman. [Sarkar P et al. J. Exp. Bot. 2009;60:3615-3635]
Continue reading

LIGNIN: Pendahuluan

struktur lignin
[Struktur lignin yang diusulkan oleh Glasser and Glasser (1974), tahun-tahun waktu aku hampir lahir. Rumit banget struktur ini. Saya tidak habis pikir, bagaimana dulu Mbah Glasser memikirkan struktur ini ya….????? !!!!!!]

File presentasi tentang lignin silahkan disedot di link ini: LIGNIN: A Twenty-first Century Challenge

Alam selalu menarik untuk diamati, dicermati, dan dipelajari. Salah satunya lignin, senyawa organik paling melimpah kedua di dunia setelah selulosa. Lignin memainkan peranan penting, memiliki banyak manfaat, sekaligus menimbulkan banyak problem.

Lignin adalah tandon karbon utama di dalam biofer, kalau dihitung kira-kira 30% dari > 1.4 x 10^12 kg karbon disimpan di dalam lignin tanaman setiap tahunnya. Lignin adalah salah satu komponen utama sel tanaman, karena itu lignin juga memiliki dampak langsung terhadap karakteristik tanaman. Misalnya saja, lignin sangat berpengaruh pada proses pembuatan pulp dan kertas. Kebutuhan bahan kimia untuk ‘memasak’ kayu dihitung berdasarkan kandungan ligninnya. Kandungan lignin pada pakan ternak ruminansia sangat perpengaruh pada kemudahan pakan itu untuk dicerna. Pakan yang rendah kandungan ligninnya mudah dicerna oleh binantang. Tapi, kalau pakan yang diberikan terlalu banyak kandungan ligninnya, ternak bisa ‘mencret’.

Saat ini biomassa lignoselulosa sedang dilirik untuk bahan baku pembuatan bahan bakar masa depan – ethanol. Kandungan lignin serupakan salah satu penghambat biokonversi lignoselulosa menjadi etanol. Lignin melindungi selulosa, sehingga selulosa sulit untuk dihidrolisis. Proses pretreatment saat ini banyak dilakukan untuk memecah pelindung ini sehingga selulosa menjadi mudah dihidrolisis tanpa banyak kehilangan polysakaridanya.

Penelitian tentang lignin & biosintesa lignin saat ini banyak dilakukan untuk memaksimalkan pemanfaatan biomassa lignoselulosa. Seperti misalnya penelitian tentang struktur alami lignin, biosintesis lignin dan bagaimana menanipulasinya, di mana inisiasi lignin di dalam sel, transportasi monolignol dari dalam sel ke dinding sel, polymerasi lignin, dan topik-topik mendasar lainnya.

(Lanjutannya diklik di sini: LIGNIN DAN EVOLUSI TANAMAN)


Referensi yang berkaitan:
cellulosic cell wall

Suprasturktur Lignin Peroksidase, Enzim Pendegradasi Lignin

Lignin peroksidase (LiP) adalah salah satu enzim yang dapat memecah lignin. Enzim ini umumnya dihasilkan oleh jamur pelapuk putih. Berikut ini model struktur lignin peroksidase.

jamur pelapuk putih
Jamur pelapuk putih yang menghasilkan LiP

LIGNIN: Struktur Kimia Lignin

Lignin merupakan salah satu komponen lignoselulosa yang banyak diteliti. Beberapa usulan model struktur kimia lignin telah dikembangkan oleh beberapa ahli. Berikut ini struktur lignin yang pernah diusulkan.

lignin structure freudeberg
Freudenberg (1965)

Glasser and Glasser (1974)

lignin structure alder
Alder (1977)

lignin struktur brunow
Brunow et al. (1998)

Vanholme R. et.al. Plant Physiol. 2010:153:895-905


Usulan struktur model lignin yang terbaru dari Vanholme 2010

Referensi Lignin: Lundquist and Parkås (2011). Different types o phenolic units in lignins. Bioresourses 6(2), 920-926
Artikel tentang kimia lignin yang ditulis oleh Knut Lundquist bisa dilihat di sini: Lignin Lundquist.


Referensi yang berkaitan:
cellulosic cell wall

Biomass Recalcitrane: Sebuah Catatan


Saat ini saya sedang belajar tentang biomassa dan konversinya menjadi bioetanol. Saya mesti belajar banyak tentang biomassa dan faktor-faktor yang menghambat konversi selulosa menjadi gula dan etanol. Saya belajar dari beberapa buku dan jurnal penelitian. Tulisan ini merupakan seri catatanku ketika mengikuti kuliah & belajar Biomass Recalcitrane. Saya akan menuliskan seri catatan singkat tentang topik itu. Semoga bermanfaat.

Bacaan utama: Biomass Recalcitrane


 

Tantangan Pemahaman Mendalam Tentang Rekalsitrane dan Konversi Biomassa

 

Biorefinari Lignoselulosa Modern

Ketersediaan energi menjadi topik yang sangat hangat beberapa tahun terakhir ini. Kesadaran akan menipisnya cadangan minyak bumi dan tuntutan untuk mencari sumber energi alternatif menjadi pendorong utamanya. Salah satu sumber energi alternatif yang banyak dikembangkan adalah konversi biomassa menjadi biofuel. Upaya untuk merubah biomassa lignoselulosa seperti kayu menjadi biofuel sudah dimulai sejak jaman baheula. Saya menemukan sebuah paten kuno tentang tentang konversi kayu menjadi alkohol (etanol). Topik ini menjadi semakin hangat diteliti sejak dua dekade terakhir. Bahkan beberapa tahun ini memenuhi isi jurnal-jurnal ilmiah international. Artinya, penelitian tentang topik ini banyak dilakukan orang.

Teknologi ini belum sepenuhnya ‘matang’ dan sedang dalam proses pengembangan. Saat ini semua sedang mencoba membuat teknologi ini menjadi ekonomis dan bisa dilakukan dalam skala yang cukup besar. Pengembangan proses yang lebih efisien terus dilakukan. Topik yang mendesak untuk segera diselesaikan adalah pengembangan proses pretreatment yang dapat meningkatkan gula hasil hidrolisis, tetapi sedikit menghasilkan senyawa berbahaya untuk fermentasi, enzim selulase yang murah dan dapat menghidrolisis selulosa kristalin, pengembangan mikroba yang efisien untuk fermentasi gula hasil hidrolisis menjadi etanol.

Biaya/Cost bahan baku juga merupakan faktor yang sangat penting, namun yang lebih penting adalah bagaimana meningkatkan gula hasil hidrolisis. Masalah yield/hasil ini sangat krusial sekali karena menyangkut banyak hal, seperti: pengecilan ukuran bahan baku, pretreatment, detoksifikasi (jika menggunakan asam), pemisahan padatan dengan cairan, hidrolisis enzimatik, dan fermentasi gula menjadi produk.

Tak kalah penting juga adalah tuntutan untuk mengkonsolidasikan semua teknologi yang dikembangkan menjadi sebuah satu kesatuan proses. Beberapa penelitian dikembangkan secara terpisah dan membutuhkan konsolidasi dan penyesuaian dengan teknologi yang lain. Teknologi ini tidak bisa berdiri sendiri, mesti menjadi sebuah satu kesatuan. Beberapa skenario tambahan juga perlu dipertimbangkan, seperti rekayasa mikroba yang bisa menghasilkan enzim dan sekaligus melepaskan gula. Mikroba semacam ini saat ini belum ada, tetapi dengan perkembangan ilmu dan pengetahuan, mikroba ini bukan mustahil untuk diwujudkan. Tentu saja ini bukan pekerjaan yang mudah, sebuah pekerjaan besar yang memerlukan kolaborasi dari berbagai disiplin ilmu dan keahlian.
&nbsp,

Dayatahan Biomassa terhadap Dekonstruksi

Recalsitran Biomassa (mudahnya saya sebut saja daya tahan, meskipun artinya mungkin kurang pas) adalah sekelompok pertahanan diri dari tanaman atau bagian tanaman terhadap serangan mikroba dan enzim. Kemampuan ini dikembangkan oleh tanaman terestrial selama proses pematangan evolusi sebagai konsekuensi perpindahan dari air ke daratan.

Tanaman modern memiliki berbagai macam sistem perlindungan. Perlindungan pertama dari sebagian tanaman adalah jaringan edidermis, lapisan paling luar dari jaringan tanaman. Pada tanaman rumput-rumputan, lapisan paling luar terdiri dari sel-sel yang padat dan berdinding tipis, dan terspesialisasi untuk menghasilkan lilin atau meterial minyak.. Pada tanaman besar (pohon), lapisan gabus, menjadi bentuk perlindungan terhadap serangan fisik dan kimia.

Sistem pertahanan tanaman meliputi struktur dan organisasi jaringan vasular dan juga pada dinding sel tanaman. Serabut elemental terbenam di dalam dinding sel dan menutupi pori-pori selulosa. Penghalang nyata enzim selulase pada biomassa tanaman adalah susunan rapat dan karakteristik menolak air dari selulosa kristalin. Mikrofibril dinding sel diselubungi oleh hemiselosa yang secara kovalen terikat pada lignin. Matrik heteropolimer di mana selulosa terbenam di dalamnya menjadi salah satu sebab kenapa biomassa tanaman resisten terhadap bahan kimia yang harganya murah dan teknik perlakuan enzimatik lainnya.

Perkembangan Tanaman untuk Menahan Serangan Mikroba dan Enzim

Apakah enzim pendegradasi biomassa sudah berfungsi maksimal

Perlakuan Kimia masih diperlukan untuk membuka selulosa pada dinding sel

Fermentasi gula dari diding sel: tahapan untuk mengeset sistem biologi


Referensi yang berkaitan:
cellulosic cell wall
Posted from WordPress for Android

Download Metode Penelitian Biomassa Lignosellulosa

CARA MENDOWNLOAD

Klik dua kali pada dokumen yang akan didownload. Kemudian ikuti perintah selanjutnya. Kalau ada iklan yang muncul, klik aja iklannya atau langsung ke SKIP ADD yang ada di pojok kanan atas.
Ok. Semoga sukses presentasinya.

Download buku yang lebih lengkap silahkan klik di sini: Daftar Buku Gratis.

Untuk sementara link-link di bawah ini tidak berfungsi, silahkan gunakan link yang ada di atas, mulai nomor urut ke-30.


Berikut ini beberapa dokumen penting untuk penelitian biomassa lignosellulosa. Dokumen ini dari NREL (National Renewable Energy Laboratory) Paklik Sam, USA. Silahkan didownload bin sedot gratis.

  1. Summative Mass Closure — Laboratory Analytical Procedure Review and Integration: Feedstocks, April 2010
  2. Determination of Structural Carbohydrates and Lignin in Biomass, April 2008
  3. Determination of Extractives in Biomass, July 2005
  4. Preparation of Samples for Compositional Analysis, August 2008
  5. Determination of Total Solids in Biomass and Total Dissolved Solids in Liquid Process Samples, March 2008
  6. Determination of Ash in Biomass, July 2005
  7. Determination of Sugars, Byproducts, and Degradation Products in Liquid Fraction Process Samples, December 2006
  8. Determination of Protein Content in Biomass, May 2008
  9. Rounding and Significant Figures, July 2005
  10. Determination of Insoluble Solids in Pretreated Biomass Material, March 2008
  11. Measurement of Cellulase Activities, August 1996
  12. Enzymatic Saccharification of Lignocellulosic Biomass, March 2008
  13. SSF Experimental Protocols: Lignocellulosic Biomass Hydrolysis and Fermentation, October 2001

Prosedur analisa di atas sangat diperlukan oleh temen-temen yang sedang penelitian tentang renewable energi dari biomassa lignoselulosa, terutama bioetanol generasi kedua.
Semoga bermanfaat.

Download buku dan referensi lain: Klik Di Sini.


Referensi yang berkaitan:
cellulosic cell wall
Posted from WordPress for Android

Keunikan Jamur Pelapuk Putih: Selektif mendegradasi lignin

grafik jamur pelapuk putih
Grafik perubahan komponen lignoselulosa (selulosa, hemiselulosa, HWS, dan lignin setelah diinkubasi dengan jamur pelapuk putih). Perhatikan lignin terdegradasi dengan cepat, sedangkan selulosa relatif konstants


Jamur pelapuk putih memiliki keistimewaan yang unik, yaitu kemampuannya untuk mendegradasi lignin. Jamur pelapuk putih sanggup menguraikan lignin secara sempurna menjadi air (H2O) dan karbondioksida (CO2). Lebih menajubkan lagi, dia lebih suka ‘makan’ lignin daripada selulosa.

Secara garis besar selulosa terdiri dari 3 komponen utama, yaitu lignin, selulosa, dan hemiselulosa. Selulosa berbentuk serat panjang. Rantai selulosa menyatu dengan ikatan hidrogen membentuk serat selulosa. Serat-serat ini diikat menjadi satu oleh hemiselulosa membentuk benang halus. Beberapa serat diikat dan diselubungi oleh lignin.

Hemiselulosa adalah komponen yang paling mudah didegradasi. Selanjutnya, selulosa ‘agak’ mudah terdegradasi. Kebanyakan mikroba suka ‘makan’ selulosa & hemiselulosa ini. Sedangkan lignin adalah komponen yang paling sulit didegradasi, sangat cocok untuk tugasnya sebagai pelindung.  Pelindung lignin ini yang membatasi pemanfaatan biomassa lignoselulosa sebagai bahan baku produk2 lain.

Kekuatan lignin ini bisa dicontohkan sebagai berikut. Dalam proses pembuatan kertas, lignin ini harus dihilangkan. Untuk mengurangi & melarutkan lignin ini dipergunakan asam kuat. Misalnya saja H2SO4, bahan air aki. Air aki saja kalau kena baju langsung bolong. Konsentrasi asam yg digunakan sampai 20% dan dilakukan pada suhu >180oC, takanan 2 bar, selama sekitar 2 jam. Luar biasa energi yang diperlukan untuk melarutkan lignin ini. Pantesan saja banyak mikroba yang tidak suka.

Namun, ternyata lignin ini ada musuhnya, yaitu jamur pelapuk putih. Jamur pelapuk putih hobinya makan lignin, makan yang keras-keras. Heran juga saya. Si jamur ini memngeluarkan enzim yang sangat kuat yang disebut enzim ligninolitik. Paling tidak ada empat enzim, yaitu: LiP, MnP, Lac, dan VP.

Sudah lama aku baca diliteratur klo jamur ini lebih memilih makan lignin daripada holoselulosa. Ada  juga yang mengatakan kalau jamur ini makan lignin dan sedikit makan holoselulosa. Aku lebih percaya pendapat kedua daripada pendapat pertama. Awalnya seperti itu.

Beberapa hari ini aku sedang mengkoreksi data penelitian temen. Data percobaan degradasi lignoselulosa dengan jamur. Awalnya data itu ditampilkan agak membingungkan. Kemudian aku minta data mentahnya. Aku coba olah sendiri. Hitung sana, hitung sini. Bandingkan antar data. Buat grafiknya. Dan coba analisis statistiknya.

Datanya benar-benar mengejutkan aku. Biomassa lignoselulosa mengalami degradasi. Lignin dan hemiselulosa terdegradasi sangat cepat. Tetapi, selulosanya tidak terdegradasi sama sekali. Massa selulosa relatif tetap sama dari awal  sampai akhir percobaan. Aku minta temen dicek ulang data ini untuk lebih meyakinkan lagi. Datanya masih sama. Data ini memperkuat pendapat bahwa jamur pelapuk putih lebih suka makan lignin daripada selulosa.

Hanya saja ada fonomena penurunan kecepatan degradasi lignin dan hemiselulosa. Aku belum tahu kenapa seperti ini.
Data ini masih awal dan saya belum tahu penjelasannya. Perlu analisa pendukung untuk mencari jawabannya.

Namun demikian, hasil ini membuka peluang pemanfaatan jamur yang lebih luas. Dengan bantuan jamur ini selulosa bisa dipanen tanpa perlu melakukan proses yang membutuhkan energi dan biaya tinggi. Setelah selulosa bisa dipanen, mau diolah jadi apa saja bisa.

Jamur mudah ditumbuhkan, mudah diperbanyak, syarat tumbuhnya juga mudah. Ini sangat potensial dilakukan dalam skala sangat besar.

Saat ini penelitian mesti lebih fokus lagi. Pertama, melakukan optimasi dan memepercepat prosesnya. Kalau itu berhasil, target berikutnya adalah melakukannya dalam skala yang besar. Insya Allah.


Artikel saya tentang pemanfaatan jamur pelapuk putih:
BIOLOGICAL PRETREATMENT OF LIGNOCELLULOSES WITH WHITE-ROT FUNGI AND ITS APPLICATIONS: A REVIEW


Posted from WordPress for Android

Bioetanol dari TKKS: sirup gula dari tankos sawit

Hari ini aku merasa seneng sekali. Tadi pagi sampai siang, kami tim penelitian bioetanol TKKS (tandan kosong kelapa sawit), mahasiswa dan pembimbing mendiskusikan hasil-hasil penelitian yang telah kami capai. Meskipun masih hasil awal, ada satu penelitian yang membuatku senang sekali, karena kami maju satu langkah lagi untuk membuat bioetanol dari TKKS.

teknologi bioetanol selulosa

Tapahan bioetanol selulosa seperti gambar di atas. Percobaan pretreatment awal kami sudah mendapatkan TKKS yang sudah dipretreatment. Kemudian oleh temen, Sukondo Jati, TKKS ini dihidrolisis untuk mendapatkan gula. Hasilnya ternyata sangat mengembirakan sekali.

sirup bioetanol tkks sukondo jati
Sukondo jati dan sirup TKKS-nya. Continue reading