Category Archives: Metode

Bioplastic production from cellulose of oil palm empty fruit bunch

Advertisements

Buku Metode Analisis Biologi Tanah

Metode Analisis Biologi Tanah, Prof. Rasti Saraswati

Metode Analisis Biologi Tanah, Prof. Rasti Saraswati

Download buku ini versi pdf gratis: Metode Analisis Biologi Tanah

Buku untuk Pecinta Biofertilizer alias Pupuk Hayati alias Pupuk Mikroba.
Ternyata petani-petani kita sangat haus ilmu. Saya upload foto buku tentang kesuburan tanah langsung banyak yang pesan. Buku itu memang rekomended banget sih, karena sangat jarang ada buku berbahasa Indonesia yang membahas topik itu dengan sangat detail.

Satu lagi buku yang sangat bagus untuk teman-teman yang berkecimpung di dunia ber-pupukkan hayati atau pupuk mikroba atau biofertilizer. Terus terang saya belum pernah mendapatkan buku yang membahas tentang topik ini dengan cukup detail dan lengkap.

Buku dengan judul ‘Metode Analisis Biologi Tanah’ yang ditulis oleh salah satu dedengkot biofertilizer Indonesia, Prof. Rasti Saraswati ini bisa mengisi kekosongan itu. Judulnya memang metode, tapi isinya cukup detail mulai dari pengenalan mikroba tanah, isolasi mikroba-mikroba fungsional, cara kultur, pemurnian biakan, identifikasi dan juga cara perbanyakannya.

Memang, sebagian besar metode yang ditampilkan adalah metode kerja di laboratorium. Ada beberapa bagian yang belum dibahas jika akan menuju ke produksi biofertilizer. Namun, minimal dengan buku ini bisa menjadi panduan untuk mengembangkan biofertilizer.

Buku ini cukup tebal: 300 halaman. Kertasnya art paper, kertas cetak yang mahal dan bagus. Foto-fotonya berwarna. Di cetak oleh Badan Litbang Pertanian tahun 2012.

Saya tidak tahu apakah buku ini masih tersedia atau tidak. Terakhir saya main ke lab tanah, tempat bu Rasti bekerja, bukunya off stock.

Continue reading

Preparation of the cellulose nitrate

This methods is part of the book:
Klemm, D., et al. “Comprehensive cellulose chemistry: v. 2: functionalization of cellulose: functionalization of cellulose.” (1998).

A sample of about 0.8 g cellulose is mixed with 40 ml of the nitration acid, and coole down to 0oC. This mixture is shaken vigorously and then kept for 3 h at 0oC with occasional shaking. Subsequently most of the nitration acid is separated from the cellulose on a coarse sintered-glass crucible by pressing with glass stopper. After putting the filter crucible onto a suction flask, the sample is neutralized stepwise by addition of a total volume of 240 ml of 2% by weight aqueous Na2CO3 solution, which is filtered through the crucible without suction. Subsequently the sample is washed with about 8 l of distilled water, again applying no suction. After these washing, most of the water covering the sample is drawn off by suction, and the cellulose nitrate is stabilized for 2 h at room temperature by covering it with methanol in a beaker. After separating the methanol by filtration, the sample is dried in vacuo over P2O5 at 20oC for at least 15h.

Determination of the carboxyl group content of cellulose samples by methylene blue sorption

This methods is part of the book:
Klemm, D., et al. “Comprehensive cellulose chemistry: v. 2: functionalization of cellulose: functionalization of cellulose.” (1998).

A weighed cellulose samples of known water content up to 0.5 g is suspended in 25 ml of aquaeus methylne blue chloride solution (300mg/l) and 25 ml of borate buffer of pH = 8.5 for 1 h at 20 oC in a 100 Erlenmeyer flask and then filtered through a sintered-glass disk. 5 or 10 ml of the filtrate are transferred to a 100 ml calibrated flask. Then 100 of 0.1 N HCl and subsequently water, up to 100 ml, are added. Then the methylene blue content of the liquid is determined photometrically, employing a calibration plot, and from the result the total amount of free, i.e. nonsorbed, methylene blue is calculated. The carboxyl group content of the sample is obtained according to:

rumus_carbonyl - 1

Reference:
Phillip, B., Rehder, W., Lang H. Papier 1965, 1-10

Determination of the carbonyl group content of cellulose samples by oximation

This methods is part of the book:
Klemm, D., et al. “Comprehensive cellulose chemistry: v. 2: functionalization of cellulose: functionalization of cellulose.” (1998).

2 g of an air dry sample of known moisture content is suspeded in 100ml 0f 0.02 N aquaeous zinc acetate solution in a 300 ml Erlenmeyer flask under vigorous stirring. After a residence of 2-6 h at room temperature in the covered flask the liquid is sucked off and the moist sample is immediately and quantitatively returned to the flask and subsequently suspended in 100 ml of the oximation reagen (35 g hydroxilamine hydrochoride, 55 g zink acetate, 160 ml 1 N NaOH and 1.6 ml glacial acetic acid/l aquaeous solution) appliying a gentle shaking. After a residence time of 20 h at 20oC, the liquid is again sucked off through the same sintered-glass disk and twice washed with water. Subsequently the sample is suspended again in the same flask in 100 of 0.02 N zinc acetate solution. After 2 h the liquid is again sucked off and the sample is washed with aqueous zinc acetate solution of the same concentration. The moist oximated sample is then immadiately subjected to a determination of the nitrogen content by Kjeldahl method, employing finally a calorimetric determination of the NH4+ formed with Nesslers reagent. I umol of nitrogen correspond to 1 umol of carbonyl groups in the sample.

Reference:
Laboratory procedure of Fraunhofer Institute of Applied Polymer Research.

Determination of the acetyl group DS of cellulose acetate

This methods is part of the book:
Klemm, D., et al. “Comprehensive cellulose chemistry: v. 2: functionalization of cellulose: functionalization of cellulose.” (1998).

0.5 g of dry cellulose acetate is swollen in 25 ml of an acetone/water mixture (1:1 by volume) for 24 h at room temperature. Then 12.5 ml of 1 N KOH in ethanol are added, and a complete deacetylation is formed by keeping this mixture for 24 h at room temperature. The excess of alkali is titrated with N/2 aqueous HCl using phenolpthalein as indicator, and an excess of 2 ml of N/2 HCl is added, which is back-titrated after 24 h with N/2 NaOH. From the titration result, the total amount of alkali consumed for saponification of the acetyl groups/g of sample is obtained. Calculation of ‘% of bound acetic acid’ and DSAcetyl is performed accoding to

rumus_acetyl - 1

Reference:
Procedure of the Fraunhofer Institute of Applied Polymer Research, Teltow-Seehof.

Prosedur Analisis Aktivitas Enzyme Xylanase -IUPAC

Prosedur pengukuran aktivitas enzyme xylanase IUPAC. Silahkan didownload di link ini Aktivitas Enzyme Xylase IUPAC.

Metode analisa aktivitas enzyme xylanase yang lain silahkan download di sini: Aktivitas Enzyme Xylanase

Download buku dan referensi lain: Klik Di Sini.

ANALISA AKTIVITAS ENZIME LIGNINOLITIK (revised)

Download manual ini dalam format pdf: Metode Analisa Enzyme Ligninolitik
Lihat juga metode dari Sigma Aldrich : Peroxidase Assay

Download buku dan referensi lain: Klik Di Sini.


Baca metode penelitian dari jurnal kadang-kadang bisa membuat pening kepala. Apalagi ketika baru pertama mau mulai dan tidak punya dasar-dasarnya. Bisa tidak mudheng sama sekali. Sama seperti saya waktu pertama kali mau analisa enzyme, mesti buka-buka texbook dan catatan lama, plus tanya sana-sini. Setelah itu baru sedikit ngeh. Saya bagikan prosedur ini untuk temen-temen yang mungkin membutuhkannya. Metodenya tidak mesti persis sama seperti yang saya uraikan di sini, yang penting tahu apa yang dilakukan dan bisa menghitungnya. Semoga bermanfaat.


Catatan:

Beberapa hal yang perlu diperhatikan pengukuran aktivitas enzyme.
1. Ekstraksi enzyme dan analisa mesti dilakukan pada hari yang sama. Aktivitas enzyme bisa cepat berubah jika disimpan. Jika Anda akan mengukur aktivitas enzyme ligninolitik, mesti segera dilakukan setelah ekstraksi enzyme. Penyimpanan dalam lemari pendingin atau dibekukan akan menghasilkan aktivitas enzyme yang berbeda.

2. Resep di bawah ini bisa saja dimodifikasi dengan mengatur komposisinya agar absorbansinya di antara 0 dan 1. Jika absorbansinya lebih dari 1, encerkan larutan enzymenya.

3. Waktu jeda analisa juga bisa disesuaikan dengan kebutuhan. Waktu bisa dikurangi atau ditambah hingga data absorbansinya cukup terbaca antara 0 dan 1.

A. Ekstrasi Enzyme

Ekstraksi Enzym dengan metode sentrifugasi (Gassara, Brar et al. 2010):
1. Satu gram sample dicampur dengan buffer phosphate 50mM pH 6,5 dengan perbandingan 10/1 (v/w).
2. Kemudian dishaker pada kecepatan 150 rpm selama 1 jam.
3. Setelah itu sampel disentrifugasi pada kecepatan 7000xg selama 20 menit.
4. Supernatan cair dipisahkan dan digunakan untuk analisa aktivitas enzyme.

Metode ini bisa dimodifikasi, langkah ke-2 diganti dengan digerus pada kondisi dingin. Pengerusan dilakukan dengan mortar dan letakan es disekitar mortar tersebut.Hasil gerusan kemudian disaring dan filtratnya disentrifugasi seperti cara di atas.

B. Pengukuran Aktivitas Enzyme

B.1. Laccase (Lac)

Pada cuvet masukkan:
– 0,5 buffer asetat pH5 0,5 M
– 0,1 ml ABTS 1 mM
– 0,4 ml filtrate enzim
Volume total 1 ml. Tabung/cuvet dikocok perlahan agar semua bahan tercampur.
Reaksi aktvitas enzyme dilakukan pada suhu 20±1 oC.
Absorbansi diukur pada waktu 0 dan beberapa menit (5 atau 10 menit, atau lebih lama lagi) pada panjang gelombang  420 nm.

Rumus perhitungan:

Aktivitas enzyme (U/ml) = (∆OD420 x Vtot (ml) x 10^9)/(εmax x d x Vol enzyme (ml) x t)

ε maks = absorpsivitas molar ABTS (36000 M-1 cm-1)
Continue reading

Uji Mikroba Pelarut Fosfat 2

Kemampuan Melarutkan Fosfat in vitro

Uji in vitro lebih sensiftif daripada uji indek pelarutan fosfat. Namun uji ini memerlukan bahan dan biaya yang lebih mahal daripada uji indek pelarutan fosfat. Uji in vitro menggunakan medium Pikovskaya tanpa agar. Oleh karena itu uji ini dilakukan setelah uji indek pelarutan fosfat dengan isolat yang lebih sedikit.
Continue reading

Preparasi Contoh TKKS atau Kompos TKKS

Masalah Rasio C/N – Latar Belakang

Karena permasalahan hasil analisa contoh kompos TKKS yang ‘ngaco’ – seperti yang sudah aku sampaikan dalam posting yang lalu – kini aku berusaha mencari metode preparasi contoh TKKS yang lebih valid.   Aku menduga bahwa sumber permasalahan terletak pada preparasi contoh yang kurang baik atau kurang benar dan tidak mewakili kompos TKKS yang diambil.  Sebelumnya aku melakukan diskusi intensif dengan analis yang melakukan analisa ini – Bu Euis.

Sebenarnya analisa TKKS bukan sesuatu yang baru bagi kami.  Sudah bertahun-tahun peneliti di BPBPI meneliti tentang TKKS ini. Salah satunya – bos saya – Dr.  Didiek Hadjar Goenadi, Dr.  Darmono,  Dr.  Siswanto, dan yang baru-baru ini Dr.  Agus Purwantara dan saya.  Di catatan yang ada di arsip lab. Kimia tertulis memang rasio C/N kompos TKKS sebagian di bawah 30.  Beberapa waktu sebelumnya Dr.  Siswanto mengalami hasil yang sama, yaitu hasil analisa yang tidak masuk akal dan terpaksa ngulang analisa sampai berkali-kali di lab yang berbeda-beda.  Kalau dari pengalaman analisa yang dulu-dulu kompos TKKS rasio C/N -nya di bawah 30 atau mendekati 30.  Yang aneh adalah kenapa hasil analisa  yang saya lakukan rasio C/N-nya di atas 30 atau bahkan ada yang di atas 100.  Aneh banget kan …..??????!!!!!!!!!!!
Continue reading