ANALISA AKTIVITAS ENZIME LIGNINOLITIK (revised)

Download manual ini dalam format pdf: Metode Analisa Enzyme Ligninolitik
Lihat juga metode dari Sigma Aldrich : Peroxidase Assay

Download buku dan referensi lain: Klik Di Sini.


Baca metode penelitian dari jurnal kadang-kadang bisa membuat pening kepala. Apalagi ketika baru pertama mau mulai dan tidak punya dasar-dasarnya. Bisa tidak mudheng sama sekali. Sama seperti saya waktu pertama kali mau analisa enzyme, mesti buka-buka texbook dan catatan lama, plus tanya sana-sini. Setelah itu baru sedikit ngeh. Saya bagikan prosedur ini untuk temen-temen yang mungkin membutuhkannya. Metodenya tidak mesti persis sama seperti yang saya uraikan di sini, yang penting tahu apa yang dilakukan dan bisa menghitungnya. Semoga bermanfaat.


Catatan:

Beberapa hal yang perlu diperhatikan pengukuran aktivitas enzyme.
1. Ekstraksi enzyme dan analisa mesti dilakukan pada hari yang sama. Aktivitas enzyme bisa cepat berubah jika disimpan. Jika Anda akan mengukur aktivitas enzyme ligninolitik, mesti segera dilakukan setelah ekstraksi enzyme. Penyimpanan dalam lemari pendingin atau dibekukan akan menghasilkan aktivitas enzyme yang berbeda.

2. Resep di bawah ini bisa saja dimodifikasi dengan mengatur komposisinya agar absorbansinya di antara 0 dan 1. Jika absorbansinya lebih dari 1, encerkan larutan enzymenya.

3. Waktu jeda analisa juga bisa disesuaikan dengan kebutuhan. Waktu bisa dikurangi atau ditambah hingga data absorbansinya cukup terbaca antara 0 dan 1.

A. Ekstrasi Enzyme

Ekstraksi Enzym dengan metode sentrifugasi (Gassara, Brar et al. 2010):
1. Satu gram sample dicampur dengan buffer phosphate 50mM pH 6,5 dengan perbandingan 10/1 (v/w).
2. Kemudian dishaker pada kecepatan 150 rpm selama 1 jam.
3. Setelah itu sampel disentrifugasi pada kecepatan 7000xg selama 20 menit.
4. Supernatan cair dipisahkan dan digunakan untuk analisa aktivitas enzyme.

Metode ini bisa dimodifikasi, langkah ke-2 diganti dengan digerus pada kondisi dingin. Pengerusan dilakukan dengan mortar dan letakan es disekitar mortar tersebut.Hasil gerusan kemudian disaring dan filtratnya disentrifugasi seperti cara di atas.

B. Pengukuran Aktivitas Enzyme

B.1. Laccase (Lac)

Pada cuvet masukkan:
– 0,5 buffer asetat pH5 0,5 M
– 0,1 ml ABTS 1 mM
– 0,4 ml filtrate enzim
Volume total 1 ml. Tabung/cuvet dikocok perlahan agar semua bahan tercampur.
Reaksi aktvitas enzyme dilakukan pada suhu 20±1 oC.
Absorbansi diukur pada waktu 0 dan beberapa menit (5 atau 10 menit, atau lebih lama lagi) pada panjang gelombang  420 nm.

Rumus perhitungan:

Aktivitas enzyme (U/ml) = (∆OD420 x Vtot (ml) x 10^9)/(εmax x d x Vol enzyme (ml) x t)

ε maks = absorpsivitas molar ABTS (36000 M-1 cm-1)
Continue reading

Pergi ke Taman Kota

Pargi ketaman kota

Kemarin hari kamis tanggal 28 oktober 2010 aku pergi ketaman kota bersama teman -teman sekolah. Di sana aku melihat monyet dan rusa. Di sana juga ada pohon yg bisa di panjat. Setelah puas bermain kamipun akan makan makanan yg kami bawa. Jika sudah kenyang kami akan pulang kerumah masing -masing.

Beda dengan adikknya yang suka menyanyi dan menulis puisi. Mas Royan, anakku yang nomor 1, juga sering menulis. Dia suka menulis pengalamannya di buku khusus. Pernah dia menulis sampai 500 kata, satu kata perbaris. Tulisannya ada yang lucu, ada juga yang mengharukan. Tulisannya di atas sudah ada sedikit kemajuan. Karena dia menulis satu paragraf.
Teruslah menulis anakku….!!!!

Royan

Puisinya Abim: Tamanku

Anakku yang nomor dua, Dedek Abim alias Ibrahim (8 tahun), mulai belajar menulis. Anaknya periang, sensitif, dan sedikit romantis. Hari ini dia mengirimkan puisi gubahannya yang pertama via Skype. Ini dia puisinya:

Tamanku

tamanku kau bersih sekali,
aku lihat burung bernyanyi riang,
tidak ada sampah dimana – mana,
tamanku kau indah sekali,
karena kubersihkan setiap hari.

Pati, 30 Oktober 2010
Abim

100_1154

Di Göteborg, Swedia, Pejalan Kaki adalah Raja

menyeberang jalan rambu lalu lintas
Menyebrang jalan dengan tenang dan mobil-mobil pun menunggu dengan sabar.

Waktu kecil, orang tua saya sering menasehati kita kalau mau menyebrang jalan: ‘Lihat kanan-kiri, kalau sepi baru menyebrang’. Seandainya tidak hati-hati waktu menyeberang, bisa-bisa ditabrak mobil.

Nasehat ini sepertinya tidak berlaku di Göteborg, Sweden. Di sini pejalan kaki seperti raja. Orang-orang hampir selalu menyeberang jalan di tempat yang sudah disediakan; zebra cross. Jarang sekali saya lihat orang menyebrang jalan sembarangan. Kalau kebetulan kita menyeberang jalan di zebra cross yang tidak ada lampu ‘bangjo’-nya, mobil-mobil akan mendahulukan penyebrang jalan. Kita bisa tetap melintas meskipun ada mobil yang akan lewat. Mobil akan berhenti, mendahulukan dan menyilahkan kita melintas, setelah itu mobilnya baru berjalan.

menyeberang jalan rambu lalu lintas
Continue reading

Västraffik: Urat nadi transportasi kota Göteborg

This slideshow requires JavaScript.

Transportasi publik ibarat aliran darah dalam tubuh. Kalau aliran darah lancar jaya, maka tubuh pun akan sehat sentosa. Kalau alirannya tersumbat, apalagi acak-kadul, bisa seperti menir kena jantung koroner.

Göteborg, atau Sverige (bahasa jawanya Swedia) pada umumnya, memiliki trasportasi publik yang tertata sangat apik. Semua sarana trasportasi via darat, laut, dan udara sudah saling terkoneksi dan terintegrasi. Orang bisa pergi dengan mudah dan cepat dari satu tempat ke tempat lain.

Transportasi utama kota ini adalah tram dan bis. Tram adalah kereta listrik pendek dengan dua atau tiga gerbong. Sepanjang jalan utama terlihat dua jalur rel untuk tram. Ada tram yang sudah cukup uzur, sudah tua, terlihat dari bentuknya yang antik. Saya agak heran juga tram ini kok masih bagus mesinnya dan berfungsi dengan baik. Tram yang baru terlihat lebih aerodinamis dengan gerbong yang lebih banyak. Bagian dalam Gerbongnya juga saling terhubung.

tram uzur goteborg sweden
Tram yang sudah cukup uzur, bentuknya sedikit antik

tram uzur goteborg sweden
Tram yang lebih baru, gerbongnya sudah saling terhubung.

tram uzur goteborg sweden
Tram yang paling baru, bentuknya lebih aerodinamis.

Bus digunakan untuk meng-cover transportasi ke wilayah yang berbukit-bukit, berkelok-kelok, atau wilayah lain yang tidak bisa dijangkau tram. Busnya juga dibuat mirip seperti tram, panjang-panjang dan ada yang gandeng. Bus ini kalau menurut saya fungsinya mirip angkot untuk puter-puter kota. Menariknya, bus di sini besar-besar dan panjang-panjang. Panjang satu bus mungkin lebih dari 15 m. Ada lagi bus gandeng. Bus gandeng satu panjangnya sampai 20 m dan yang gandeng 2 sampai 25 meter.

tram uzur goteborg sweden
Dua macam bis, bis biasa yang ukurannya besar dan bis gandeng 3.
Continue reading

LIGNIN 2: Lignin dan Evolusi Tanaman

Ini pakai teorinya mBah Darwin, teori evolusi – teori yang seringkali zulit dibuktikan.

Konon ceritanya tanaman muncul dari perairan. Nenek moyang tanaman hidupnya di air. Lalu pelan-pelan pindah ke daratan yang kering. Tanaman diperkitakan muncul 15.341.184.000.000.000 detik yang lalu (maksude  460juta tahun yang lalu), ketika dunia ini masih banyak dipenuhi dengan air.

Proses adaptasi tanaman ini terkait erat dengan keberadaan lignin di dalam dinding sel tanaman. Lignin telah membantu tanaman sukses berkompetisi mendapatkan sinar sang mentari. Lignin membuat batang tanaman lebih keras dan dapat tegak berdiri. Lignin juga membantu tanaman mengatasi kondisi yang sangat kering dibandingkan dengan kondisi di perairan.

Tanaman tingkat rendah dari kelompok alga dan lumut-lumutan ternyata juga memiliki kandungan lignin di dalam dinding selnya. Tetapi komposisi, jumlah, posisi, dan mungkin juga strukturnya berbeda. Kandungan dan kompleksitas lignin meningkat pada tanaman tingkat tinggi. Yang menarik adalah komponen penyusun ligninnya (monolignol) sama. Ilustrasi menarik disampaikan oleh Sarkar P et al. J. Exp. Bot. 2009;60:3615-3635

evolusi lignin
Gambar yang menunjukkan perubahan dinding sel seiring dengan evolusi tanaman. [Sarkar P et al. J. Exp. Bot. 2009;60:3615-3635]
Continue reading

LIGNIN: Pendahuluan

struktur lignin
[Struktur lignin yang diusulkan oleh Glasser and Glasser (1974), tahun-tahun waktu aku hampir lahir. Rumit banget struktur ini. Saya tidak habis pikir, bagaimana dulu Mbah Glasser memikirkan struktur ini ya….????? !!!!!!]

File presentasi tentang lignin silahkan disedot di link ini: LIGNIN: A Twenty-first Century Challenge

Alam selalu menarik untuk diamati, dicermati, dan dipelajari. Salah satunya lignin, senyawa organik paling melimpah kedua di dunia setelah selulosa. Lignin memainkan peranan penting, memiliki banyak manfaat, sekaligus menimbulkan banyak problem.

Lignin adalah tandon karbon utama di dalam biofer, kalau dihitung kira-kira 30% dari > 1.4 x 10^12 kg karbon disimpan di dalam lignin tanaman setiap tahunnya. Lignin adalah salah satu komponen utama sel tanaman, karena itu lignin juga memiliki dampak langsung terhadap karakteristik tanaman. Misalnya saja, lignin sangat berpengaruh pada proses pembuatan pulp dan kertas. Kebutuhan bahan kimia untuk ‘memasak’ kayu dihitung berdasarkan kandungan ligninnya. Kandungan lignin pada pakan ternak ruminansia sangat perpengaruh pada kemudahan pakan itu untuk dicerna. Pakan yang rendah kandungan ligninnya mudah dicerna oleh binantang. Tapi, kalau pakan yang diberikan terlalu banyak kandungan ligninnya, ternak bisa ‘mencret’.

Saat ini biomassa lignoselulosa sedang dilirik untuk bahan baku pembuatan bahan bakar masa depan – ethanol. Kandungan lignin serupakan salah satu penghambat biokonversi lignoselulosa menjadi etanol. Lignin melindungi selulosa, sehingga selulosa sulit untuk dihidrolisis. Proses pretreatment saat ini banyak dilakukan untuk memecah pelindung ini sehingga selulosa menjadi mudah dihidrolisis tanpa banyak kehilangan polysakaridanya.

Penelitian tentang lignin & biosintesa lignin saat ini banyak dilakukan untuk memaksimalkan pemanfaatan biomassa lignoselulosa. Seperti misalnya penelitian tentang struktur alami lignin, biosintesis lignin dan bagaimana menanipulasinya, di mana inisiasi lignin di dalam sel, transportasi monolignol dari dalam sel ke dinding sel, polymerasi lignin, dan topik-topik mendasar lainnya.

(Lanjutannya diklik di sini: LIGNIN DAN EVOLUSI TANAMAN)


Referensi yang berkaitan:
cellulosic cell wall

Pasar Klithikan-nya Göteborg

kviberg gotenborg sweden
Pasar Kviberg dilihat dari atas, menempati tiga gudang bekas markas tentara. Selalu penuh setiap minggu.

Orang Jogja pasti tahu pasar Klithikan. Pasar yang dibuat oleh pemkot Ngayojokarto Hadiningratan untuk menampung pedagang barang-barang bekas dan -katanya- barang-barang ‘spanyol’ (separo nyolong). Ternyata di Götenborg pun ada pasar seperti pasar Klitikan ini.

Pasar ini ada di daerah Kviberg (baca kwiberi). Menempati tiga gudang besar, konon dulu adalah bekas maskas tentara. Pasar Kviberg (begitu saja saya menyebutnya) hanya buka hari sabtu-minggu. Ramai sekali pasar ini.
Untuk mencapai pasar ini dari apartemenku di Våstra Frölunda cukup naik tram satu kali, tram no. 7. Waktu tempuhnya kurang lebih 30 menit. Turun di halte Kviberg. Tak sulit mencari tempat pasar ini, karena orang seperti menyemut datang dan pergi. Ikuti saja arah orang-orang berjalan, pasti sampai.
Pasar ini sangat terkenal dan ramai, terutama untuk para pendatang bin imigran. Pembeli dan pedagang sebagian besar para pendatang ini. Umumnya dari timur tengah (Iran, Irak, Arab), Turki, Sudan, Somalia, Ethiopia, dan Asia (Indonesia Raya, Thailand, China, Philiphine, Korea, Laos, India, Pakistan),  juga dari eropa timur (Bosnia, Armenia), dan lain-lainnya yang tak mungkin saya sebutkan satu per satu (seperti kata sambutan aja..). Hanya sedikit orang Swedia yang terlihat di pasar ini. Banyak tampang-tampang arab di pasar ini, karena itu kami sering juga menyebut pasar ini pasar Arab.
Continue reading

Nama Saya Dani Penjol dari Spanyol

dani penjol dari spanyol
Aku, Dani Penjol, Celiene, dan ‘Car’-nya Dani

Di apartemen ini kami lah yang datang pertama. Saya satu kamar dengan Pak Muslikhin. Hari pertama datang badan penat luar biasa setelah menempuh perjalanan lebih dari 18 jam. Pinginnya langsung glosor aja.

Di kamar cuma ada satu tempat tidur ukuran satu orang, untungnya ada kasur tipis extra yang bisa dijadikan alas tidur. Saya pakai kasur itu untuk tepar. Dalam sekejab saya sudah melanglang buana di dunia mimpi.

Sedangkan Pak Mus yang belum bisa tidur, karena mesti menunggu kopernya yang tertinggal di KLM Airlines. Pihak KLM janji sore hari mau mengantar ke apartemen, karena itu Pak Mus tetap menjaga mata tetap terbuka. Menjelang sore bel telepon berbunyi. Pak Mus pikir ini dia orang dari KLM.

“Hello….!!!!” terdengar suara orang dari luar apartemen. Gedung apartemen pintunya terkunci. Hanya penghuni yang punya kuncinya dan bisa masuk gedung. Kalau ada tamu, dia mesti pencet tombol bel semacam interkom. Kalau tuan rumah pencet tombol telepon maka pintu gerbang akan terbuka.

“Hai…Hello..Are Your from the air port?”, tanya Pak Mus.
“Yes…I am from the air port”, jawab orang itu dengan mantap. Lalu tombol telpon dipencet untuk membuka pintu gerbang.

Apartemen kami ada di gedung no. 32 lantai tujuh No. 315. Tak berapa lama terdengar lift berhenti di lantai kami. Pak Mus yang dengan kegirangan – dalam pikirannya kopernya bisa segera kembali – segera membuka pintu apartemen.

Setelah dibuka, berdiri sesosok manusia asing di depan pintu. Kepalanya lonjong penjol dan plontos. Rambutnya mungkin baru tumbuh kurang dari satu mm. Licin kepalanya. Tingginya sekitar 160-an cm. Cukup pendek untuk ukuran orang eropa. Dia membawa koper besar dan tas. Tapi, bukan tasnya Pak Mus.

Dengan wajah penuh ragu, Pak Mus bertanya sekali lagi untuk meyakinkan: “Are You from the air port?”
“Yes…yes…I’m from the airport. You not believe me?”, dia balik bertanya dengan bahasa Inggris yang sedikit kacau.

Wajah Pak Mus semakin ragu, apalagi orangnya tampak tidak meyakinkan. Rupanya orang itu merasa kalau dirinya diragukan.

“I have a key…I have a key…You not bilieve me?” katanya sambil menunjukkan kunci untuk meyakinkan. Lalu dia masuk ke dalam apartemen.
Continue reading

Rinduku

Seuntai Rindu

Malam ini
Bersama sunyi dan sepi
Di  balik diam termanggu
Rindu menyapa
dengan lembut
namun mengena

***

Hal terberat yang aku rasakan ketika berada di Göteborg ini adalah jauh dengan keluarga & orang yang dicintai.  Meskipun saat ini ngobrol bisa dilakukan setiap saat  via Skype (thanks skype), tapi cuma bisa didengar dan dilihat. Tak bisa di pegang, dipeluk atau dicium.
Minggu-minggu awal belum begitu terasa. Komunikasi masih dilakukan dengan cara konvensional: SMS. Saya lupa tidak install Skype di komputer rumah, jadi belum bisa Skype-an. Paling-paling kirim pesan via FB atau YM-an pakai NIMBUZZ. Hanya bisa baca pesan-pesan singkat saja.
Awalnya saya SMS pakai kartu KOMPIZ. Lumayan juga, sekali SMS kena 1-2 SEK. Pulsa disedot habis dalam sekejab. Obat rindu ternyata mahal banget. Lalu, temen merekomendasikan pakai AMIGOS, katanya murah untuk telepon dan SMS ke luar negeri. Jadilah saya beli pulsa AMIGOS di warung PRESSBYRÅN 100 SEK. Memang bener murah sekali, semenit cuma sekitar 1  SEK. Tapi biaya misscall sampai 2 SEK. Pernah susah sekali terhubung, yang menjawab Cik Veronika melulu, tak terasa pulsa 25 SEK pun melayang. Bulan ini biaya pulsaku menembus 500 SEK  (= Rp. 600rb). Obat rindu memang semakin mahal. 
Komunikasi yang murah memang via internet rupanya. Apalagi pakai SKYPE. Masalahnya satu, laptop rumah belum terinstall Skype. Saya minta Ummi Royan – istri tercinta – install Skype saya pandu via NIMBUZZ, tetep aja belum bisa. Saya  pandu pakai AMIGOS. Ngomong sampai ndower bibirku, belum berhasil juga. Lalu coba alternatif lain, minta bantuan saudara untuk mwngistallnya, tetep aja nggak bisa-bisa. Akhirnya laptop rumah diungsikan ke Magelang. Setelah diutak-utik oleh Om Manto baru sukses Skype  terintall. Malam itu pukul 2 WIB (atau pukul 11 malam CEST) aku bisa melihat wajah Om Manto. AKhirnya pikirku….
Hari-hari berikutnya, ngobrol via Skype. Pulsa telepon bisa ditekan lebih rendah. Demi Skype, orang rumah pasang Speedy, tidak ada pilihan lain yang lebih baik. Hari minggu pagi, saya janjian Online dengan keluarga. Jam 5 pagi, habis sholat subuh laptop sudah dihidupkan. Nunggu video call dari negeri tercinta di seberang benua sana.
Tak begitu lama suara ringging call khas Skype terdengar. Klik Accept video call. Koneksi terasa luuaaambrrraaaatttt…..banget. Loading video tidak muncul-muncul. Setelah nunggu sampai hampir putus asa:
“Abi…………..!!!!!!”, teriak Mas Royan & Dedek Abim bersamaan. Suara itu menerobos masuk ke relung hati.
Saya jadi ingat dulu ketika mereka masih anak-anak.  Royan yang diam, tetapi tak pernah berhenti bergerak. “Anteng Kitiran” kata orang jawa. Dedek Abim yang tangisannya kenceng banget dan klo ngomong seperti radio, sama-sama tak bisa diam.
Tanpa ku sadari mereka sudah besar-besar. Dedek Abim tambah putih dan cakep. Mas Royan wajahnya  semakin ‘cool’ dan tampak lebih besar.
“Abi…, sedang apa? Di sana dingin ya…?” tanya Mas Royan.
Adiknya yang ada disampingnya, sambil bergaya bilang, “Abi…abi…abi….”
Ummi Royan yang ada di belakang mereka hanya senyam senyum saja. Meskipun kadang-kadang nakal, anak-anak tetap menyenangkan.
Hari itu rinduku tertumpah semua.
***
Pernah suatu hari, ketika sedang naik Tram, saya melihat dua anak laki-laki. Sepertinya mereka bersaudara, karena wajahnya mirip. Yang satu duduk diam saja menghadap ke arah luar. Sepertinya dia anak yang lebih besar. Di sampingnya adiknya mengelayut di punggung kakaknya. Sang kakak sepertinya sedang marah dan tidak mau diganggu adiknya. Di usirnya sang adik dengan sikutnya. Sang adik tetap aja menggoda. Dia sentil-sentil kakaknya. Sang kakak tetap mengarahkan pandangannya ke luar, cuek saja.
Sang adik tidak kekurangan akal. Diahadapkan wajahnya ke wajah sang kakak, sambil menyibir: “Weeeekkk…..” (gitulah kira-kira klo orang Indonesia).
Sang kakak tampak semakin kesal. Lalu dia bangkit dan ngeloyor pindah ke depan.   Sang adik mengekor di belakangnya.
Melihat tingkah mereka saya jadi ingat Royan & Ibrahim. Hampir tiap hari mereka bertengkar. Ada aja yang rebutkan. Kadang-kadang mereka bertengkar, kadang-kadang kompak. Pernah suatu hari saya jemput mereka di sekolah, keduanya jalan pulang sambil berangkulan. Kompak banget. Tak jarang kakaknya menggoda adiknya sampai nangis. Atau adiknya merenggek-rengek yang membuat kakaknya kesal.
Umminya yang sudah capek semakin kesal dan marah-marah. Anak-anak seperti sengaja membuat umminya marah.
Saya jadi ingat Royan ketika baru berumur 1 tahun. Sejak kecil Royan tidur denganku, karena umminya ‘nenenin’ Ibrahim. Saya jadi ingat Ibrahim kalau tidur selalu minta ‘dipuk-puk’ punggungnya. Kalau Abim belum tidur tidak boleh berhenti nepuk-nepuk punggungnya. Padahal orang tuanya sudah capek seharian kerja.
Saya jadi teringat kalau saya capek, Mas Royan dan Dedek Abim yang menginjak-injak badan. Badan capek jadi sedikit lebih lega.
Kenangan-kenangan itu menari-nari di dalam pikiranku. Ketika sendiri mau tidur. Atau ketika istirahat di sela-sela mengerjakan tugas. Kenangan itu menoreh-menoreh hati.
Rinduku makin dalam. 

Posted from WordPress for Android